Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaataagaattcattattatcaggttttgcattaatgtgatttgcacatttttttatgtgaaatatttttgctgtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGTGACGAGTGCTTAGCTTGTGGGAGTTGAAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15350.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193483217|gb|FK451046.1|FK451046
EST:     GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGA                         GAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
genomic: GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGAgtaataagaa ... gtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
EST: gi|209726802|gb|BW672503.1|BW672503
EST:     GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGA                         GAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
genomic: GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGAgtaataagaa ... gtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
EST: gi|193654421|gb|FK600573.1|FK600573
EST:     GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGA                         GAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
genomic: GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGAgtaataagaa ... gtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
EST: gi|193676101|gb|FK616951.1|FK616951
EST:     GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGA                         GAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
genomic: GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGAgtaataagaa ... gtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
EST: gi|193651046|gb|FK599375.1|FK599375
EST:     GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGA                         GAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG
genomic: GTGCTGCAGCTGATGCTATTAAGTTCACCGTTGACACCTCTGCTCTCAGAgtaataagaa ... gtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcattaatgtgatttgcacatttttttatgtgaaatatttttgctgtgaatgcagGAAAAATCCAATGTGGAGGATGATGATAATACAAAAATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGTGACGAGTGCTTAGCTTGTGGGAGTTGAAATG
 cattaat  putative branch site (score: 3)
                 acatttttttatgtga  TA-rich tract