Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaataagaattcattgtcatcaatcttccttattcatgtaattatatacattttgatattaaatgtttctattgtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGAGAAGAGTGTTTGGCTTGTGGAAGTTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G32070.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G32070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv07s0031g01990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtaataag-aattcattgtcatcaatcttccttattcatgtaattatatacatt-ttgatat-taaatgtttctatt----gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGAGAAGAGTGTTTGGCTTGTGGAAGTTGAA---
|| || |    || ||||  ||   | | || | |   |  | || | ||  || |||| || |||||  |||| ||    |  | |||||||||   | | | |||    ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||| || ||||| ||  ||||||||||||||| ||   
gtgattactggttaattgctatgtctttaccctctcagttaacttgtgtattttattgagatgtaaattcttctgttcgttggcaatgcagGAAAGGACCAAGACAG---CAGATGATGATGATACCAAAATGGCACAAATGGTATGTTCCCTAACAAATCGTGAAGAATGCATGGCTTGTGGAAGTTAAAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51345093|gb|CO985826.1|CO985826
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|58022119|gb|CX708860.1|CX708860
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGTATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|31307786|gb|CD392989.1|CD392989
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|15812247|gb|BI784522.1|BI784522
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|31456826|gb|CD398854.1|CD398854
EST:     ACCTCTATGCTCCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGAT
genomic: ACCTCTATGCT-CCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGAT
EST: gi|213614996|gb|DB978373.1|DB978373
EST:     GTGCCGCAGCCGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|13791431|gb|BG654022.1|BG654022
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|58018661|gb|CX705403.1|CX705403
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|208287252|gb|GE084804.1|GE084804
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGGGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|58024594|gb|CX711335.1|CX711335
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|192293903|gb|FG986112.1|FG986112
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: gi|51335204|gb|CO979070.1|CO979070
EST:     GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT                         GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttattcatgtaattatatacattttgatattaaatgtttctattgtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGAGAAGAGTGTTTGGCTTGTGGAAGTTGAA
                      ttttgat  putative branch site (score: 4)
       atgtaattatatacat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaataagaattcattgtcatcaatcttccttattcatgtaattatatacattttgatattaaatgtttctattgtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGGTGTGCTCTTTAACAAACCGAGAAGAGTGTTTGGCTTGTGGAAGTTGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG