Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aataaataaaaaattgaaagcaaactatgcagttgacttttaatagttatttgctacaataattgtgtgtatgcctaatttgttcttgatgtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.2
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G27900.2 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv01s0010g03300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
----aataaataaaaaattgaa--agcaaactatgcagttgacttttaatagttatttgctacaataattgtgtgtatgcctaatttgttcttgatgtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG
    | | |    | ||||  |  || | |||| |||||||  |   | |   |  |  || |  || ||   ||| |  || || ||| ||| || |     ||||||||  ||||| | ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
gaaaagtcatgtcagaattccattagtacactaagcagttg--tgccagtcacttctatcttc--tagtttcttgttt--ctcatgtgtgcttaatattgtaccagATGCACCTTGATAAGGCACATGGAGCTTATTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|208219729|gb|GE016655.1|GE016655
EST:     CTATTGGATTTTGAGCTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: CTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|208196940|gb|GE001060.1|GE001060
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|13480605|gb|BG509948.1|BG509948
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATG
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATG
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttatttgctacaataattgtgtgtatgcctaatttgttcttgatgtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG
         tacaataatt  TA-rich tract