Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttatgatttataatataatcatattgacattttatagtaaaacccccgagttgtatgtggtatttcctttgtgttttattgtcccttttgcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTATACCCACAAAGACATTGCAACTTAATTTGAATGGTCTAATTGCTATACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G41850.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31458680|gb|CD400708.1|CD400708
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GGATACTAAAAGGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTC
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagG-ATACTAAAAGG-AAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTC
EST: gi|208073189|gb|GD869878.1|GD869878
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGGCAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|254315842|gb|GR825651.1|GR825651
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|192322275|gb|FK014516.1|FK014516
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|193309058|gb|FK275782.1|FK275782
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|254315128|gb|GR830121.1|GR830121
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|6848973|gb|AW351263.1|AW351263
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|193382835|gb|FK347712.1|FK347712
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|254315841|gb|GR825650.1|GR825650
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|14992061|gb|BI317734.1|BI317734
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTATGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTATTGGATGGTGATAAAGGGATTGTTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
EST: gi|4395663|gb|AI494660.1|AI494660
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTAGGAGTTGAGGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgaacta ... gcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccgagttgtatgtggtatttcctttgtgttttattgtcccttttgcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTATACCCACAAAGACATTGCAACTTAATTTGAATGGTCTAATTGCTATACT
                                     tcccttttgc  CT-rich tract
                           tgttttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttatgatttataatataatcatattgacattttatagtaaaacccccgagttgtatgtggtatttcctttgtgttttattgtcccttttgcgtatgcagGATACTAAAAGGAAGTGGACAAGTAGTGGATGGTGATAAAGGGATTGTCTATACCCACAAAGACATTGCAACTTAATTTGAATGGTCTAATTGCTATACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt