Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtttttttctttaaaattttattgaatcttccaaaattttatgtcattcttccttctgtatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39430.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os01g64820.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
----gtgtttttttctttaaaattttattgaatcttccaaaattt-tatgtcattcttccttctg-tatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA
     ||    ||| |   |||  |||   | | | |    |||| |     ||  ||  |   | ||    |    |||       || | ||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||| | ||||||||||| ||    |||
gtaaatgaaaatttatgacaaacattagctattatacttggatttgtccagaataattggtgaggctaacctaccctttaactctcatggttcagCATGTATGGCTGCTTGGGCTTTTCCAATTCCAGGTTTTATGCAAAGCCACTTGCTGAGCTTATTACACTGCAA

upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT5G67100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtgtttttttctttaaaattttattgaatcttccaaaattttatgtcattcttccttc-tgtatgtaaaatgttatggtgtgtga-tgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA
    |||    ||||   ||||| |    |  | | ||||     |||       ||  ||| | |    | ||||    | | |   |||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||   ||| 
---gtttgcattttatggttttacttgtgcggcaataattgccaatcaccgcaatttgatgtttatgtttttttattcattctaaacacagTATGTATGGCTGTCTGGGGTTTTCTAATTCAAGATTCTATGCTAAGCCTTTAGCAGAGCTCATAACACTACAG

upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv07s0031g00470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
------------------gtgtttttttctttaa--aattttat------tgaatcttccaaaattttatg-tcattcttccttctgtatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA
                     |||   | ||||   ||| | ||      | ||| |||     |  |||  |  |  ||| || | ||| |   |||||   || |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||   ||||
gtttgtgtaatttttttaccatttccatttttagccaatatgatgtgctataaattttctttgttgctataatggtatttctttgtttattttccatgtt---gtctgtgattcagTATGTATGGATGCCTGGGGTTTTCCAATTCAAGATTTTATGCAAAGCCACTGGCAGAGCTTATAACACTACAA

upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: PP1S257_37V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 18
--------------gtgtttttttctttaaaattttattgaatcttccaaaattttatgtcattcttccttctgtatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA
               |    |     |||  | || |||     |   |  |||  |||  ||||    ||| ||  | |  |  ||   |||  |  |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| ||||| || |||||  | || || ||||| ||| | || 
gatactgctagtcgatagggtggctattagtacttgattttcaatgttattattg-atgatattcgattttc-gttagcatgacatttgtgtg-attgtgcagTATGTATGGATGCCTGGGCTTTACTAATTCAAGGTTTTACGCCAAGCCTATTGCCGAACTTATTACTGCCCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151395403|gb|EV265280.1|EV265280
EST:     GTTCAGCAACTGGATATTCAGCAGCAAGCACTCAAGCTTACTGCAAACAG                         TATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATT
genomic: GTTCAGCAACTGGATATTCAGCAGCAAGCACTCAAGCTTACTGCAAACAGgtgttttttt ... tgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATT
EST: gi|208161268|gb|GD963442.1|GD963442
EST:     CAGCAGCAAGCACTCAAGCTTACTGCAAACAG                         TATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATT
genomic: CAGCAGCAAGCACTCAAGCTTACTGCAAACAGgtgttttttt ... tgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaattttatgtcattcttccttctgtatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA
                          tatgtaaaatgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtttttttctttaaaattttattgaatcttccaaaattttatgtcattcttccttctgtatgtaaaatgttatggtgtgtgatgcagTATGTATGGGTGCCTGGGATTTTCGAATTCAAGATTTTATGCTAAGCCATTAGCTGAGCTTATAACTTCACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT