1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...aagtaaagtgttttcatttcaaatgttatggtggttggtaaatcatgtacagttgttcctcttgatggtaaactaagattgtgtcaatttctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCTAGCTATTGGGTGCAACTATTTTTCTCAGAGTCAAGTGGAGCAACACTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G30450.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCAC-TTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCEST: gi|23733336|gb|BU764862.1|BU764862
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGG-AACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|23725399|gb|BU760653.1|BU760653
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|10253908|gb|BE821723.1|BE821723
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: AGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCANNNNTAGGAG GTGGAACNNNGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|33390367|gb|CA853562.1|CA853562
genomic: AGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|15285857|gb|BI469748.1|BI469748
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|13312086|gb|BG405737.1|BG405737
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|22523685|gb|BU082496.1|BU082496
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|21888837|gb|BQ742050.1|BQ742050
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|13181153|gb|BG352493.1|BG352493
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCCGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|208156031|gb|GD954535.1|GD954535
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: AATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCEST: gi|15285949|gb|BI469840.1|BI469840
genomic: AATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: ATGCCAATGATAGGAG GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
tgtacagttgttcctcttgatggtaaactaagattgtgtcaatttctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCTAGCTATTGGGTGCAACTATTTTTCTCAGAGTCAAGTGGAGCAACACTT
tcttgat putative branch site (score: 4)
tttctgtc putative PPT
taaactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagtaaagtgttttcatttcaaatgttatggtggttggtaaatcatgtacagttgttcctcttgatggtaaactaagattgtgtcaatttctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCCTAGCTATTGGGTGCAACTATTTTTCTCAGAGTCAAGTGGAGCAACACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - -tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - -tggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gattgtg