Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagcaaacatatattgtgtaaattataacctgaaactgaattttcgttcaacatttgatcctattagtgaactgttcatcttctttaaatatttcttcagGTTCAGATTTTGAATTTGATCTCTATCCTTATTGGACATGTTAGTGAAGTTATTCCATTTGCAAACAAGTTGGTGCAGTTTTTTCAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G19490.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G19490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
lower sequence: AT3G08960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
-gagcaaacatatattgtgtaaattataacctgaaactgaattttcgttcaacatttgatcctattagtgaactgttcatcttctttaaatatttcttcagGTTCAGATTTTGAATTTGATCTCTATCCTTATTGGACATGTTAGTGAAGTTATTCCATTTGCAAACAAGTTGGTGCAGTTTTTTCAGAAG
  |    |  ||   ||  | || |  |   |   |||  ||| | |  ||  ||    | |  |   |||    | || | |||  || ||||   ||||||||| ||| |||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| ||||| |  ||| | ||||||||||| || || ||||||
gtacttgatgta-gctgcctcaaattcattatagcactccattcttgc-cattatac--ttccttcgatgactcatacaacatct--aactatt--ctcagGTTCAAATTCTGAATTTGATTTCTACTCTTATTGGCCATGTTAGCGAAGTCATTCCGTACGCACAAAAGTTGGTGCAATTCTTCCAGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcaacatttgatcctattagtgaactgttcatcttctttaaatatttcttcagGTTCAGATTTTGAATTTGATCTCTATCCTTATTGGACATGTTAGTGAAGTTATTCCATTTGCAAACAAGTTGGTGCAGTTTTTTCAGAAG
       atttgat  putative branch site (score: 5)
                                            tatttcttc  putative PPT
                                atcttctttaaatatt  TA-rich tract