1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtatctatatcttttcacctttgatttttggttatgtatgaatttttaaaatccacattgttgaatttgtttttgtttgatgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGGAGAATGGTTACCGGATTACTTCTATGGCTGCTACTAGTGATCAGGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G04580.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|208211886|gb|GE013577.1|GE013577
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|193654777|gb|FK599221.1|FK599221
genomic: GTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|193582917|gb|FK542345.1|FK542345
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|15203972|gb|BI426749.1|BI426749
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: CGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|254328402|gb|GR835367.1|GR835367
genomic: CGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|58019124|gb|CX705866.1|CX705866
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|208125158|gb|GD924682.1|GD924682
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTT-GTATCCCACGTGAAEST: gi|24135575|gb|BU926085.1|BU926085
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCA-GTGAA
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|193461096|gb|FK427193.1|FK427193
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|57574923|gb|CX547898.1|CX547898
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGEST: gi|208055758|gb|GD854137.1|GD854137
genomic: GCAGTCGCTGGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
EST: GGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAG GTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
genomic: GGGGTGTTGTTATGTCCAGGAATGCTGGGTATTCTGATCAGgtatctatat ... atgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGG
tgtatgaatttttaaaatccacattgttgaatttgtttttgtttgatgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGGAGAATGGTTACCGGATTACTTCTATGGCTGCTACTAGTGATCAGGCAG
gtttgat putative branch site (score: 5)
aatttttaaaatcca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatctatatcttttcacctttgatttttggttatgtatgaatttttaaaatccacattgttgaatttgtttttgtttgatgatgcaagGTTGTGGAGCTTGACTTTTTGTATCCCAGTGAAGGAATCCATCGTCGATGGGAGAATGGTTACCGGATTACTTCTATGGCTGCTACTAGTGATCAGGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT