1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' |
gtaagtggtgtattaccctgaagtcaattctactcggttgattctacttaagatttctggccccatttaacttaatttatgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAAAGTAGTCTCCACAAGCAAGAAGCCAATTTAACAGCTTATGCTCATCAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G40580.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGAT CTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAAEST: gi|193410146|gb|FK370841.1|FK370841
genomic: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGATgtaagtggtg ... tgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAA
EST: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGAT CTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTACATTACTAAATGATCTTCAEST: gi|12489981|gb|BG043502.1|BG043502
genomic: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGATgtaagtggtg ... tgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATT-CATTACTAAATGATCTTCA
EST: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGAT CTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAA
genomic: ATGATGACTTGAAATCTGAAGTAGCCAAGCATTCATCTGCCTTGGAGGATgtaagtggtg ... tgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAA
cggttgattctacttaagatttctggccccatttaacttaatttatgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAAAGTAGTCTCCACAAGCAAGAAGCCAATTTAACAGCTTATGCTCATCAAC
atttaacttaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtggtgtattaccctgaagtcaattctactcggttgattctacttaagatttctggccccatttaacttaatttatgtgcttcagCTTTTTAAAGGAATCGCCTTAGAAGCTGATTCATTACTAAATGATCTTCAAAGTAGTCTCCACAAGCAAGAAGCCAATTTAACAGCTTATGCTCATCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC