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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaagcttatccaaaaatagttttatttttattttgtccctattgatcatgtgtctaacctcgtggtcaaactaatgctgttcatgtctttttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACGCAGAGCAAGGATACTCCACACTCCCTCTTTGTTGTTCCAAACAAATTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G21480.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193719308|gb|FK653474.1|FK653474
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|209708993|gb|BW653507.1|BW653507
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|51335181|gb|CO979047.1|CO979047
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|51344716|gb|CO985449.1|CO985449
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|7029568|gb|AW459409.1|AW459409
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|15204014|gb|BI426782.1|BI426782
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|254346794|gb|GR856516.1|GR856516
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|208261068|gb|GE060314.1|GE060314
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGGAATATTGATTTTCTAA
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAG-AATATTGATTTTC-AA
EST: gi|5760383|gb|AI965674.1|AI965674
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|209717222|gb|BW657691.1|BW657691
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|254314006|gb|GR831635.1|GR831635
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|208286275|gb|GE087775.1|GE087775
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
EST: gi|208169324|gb|GD970939.1|GD970939
EST:     CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAG                         GGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG
genomic: CTATTGGTCTTTGATGTCTAACAAGATTTCACTGCTTTAGTTGTCCCTAGgtacgtgcca ... ttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatgtgtctaacctcgtggtcaaactaatgctgttcatgtctttttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACGCAGAGCAAGGATACTCCACACTCCCTCTTTGTTGTTCCAAACAAATTTG
                       aactaat  putative branch site (score: 2)
                                      tgtcttttt  putative PPT
                      aaactaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gaagcttatccaaaaatagttttatttttattttgtccctattgatcatgtgtctaacctcgtggtcaaactaatgctgttcatgtctttttggttgcagGGTCAATTGTATATTTCTTTAATTCAGGTTTAAGAATATTGATTTTCAACGCAGAGCAAGGATACTCCACACTCCCTCTTTGTTGTTCCAAACAAATTTG

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- - - - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgtccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtg
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