Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcattatgtcacatttagctgtagatttattgttacttgcttctccatcagtcacattgatggtgccagcgttgtgatatcgttgtttcttggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATGATTAATTGAGTTGGCTCTCCAGTGTAACAGGAATGGACAGCATGCTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G00980.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10236681|gb|BE805569.1|BE805569
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|207815553|gb|GD789138.1|GD789138
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|31472899|gb|CD414927.1|CD414927
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|51344846|gb|CO985579.1|CO985579
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|208149082|gb|GD945938.1|GD945938
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|193687575|gb|FK629234.1|FK629234
EST:     CAAGGGAATCTATTCTATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: CAAGGGAATCTA-TC-ATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catcagtcacattgatggtgccagcgttgtgatatcgttgtttcttggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATGATTAATTGAGTTGGCTCTCCAGTGTAACAGGAATGGACAGCATGCTTTT
         cattgat  putative branch site (score: 4)
                                     ttgtttctt  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcattatgtcacatttagctgtagatttattgttacttgcttctccatcagtcacattgatggtgccagcgttgtgatatcgttgtttcttggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATGATTAATTGAGTTGGCTCTCCAGTGTAACAGGAATGGACAGCATGCTTTT

- - - tgtcaca
- - - - - - - - -gctgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - -tacttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatggtg