Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccccaatcttgacttattgtgtcatactgaagaatttgatatggatattatttgtgtcccttgcattaaactttatgccctttttttatcctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G04910.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58021862|gb|CX708603.1|CX708603
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
EST: gi|208133389|gb|GD929096.1|GD929096
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGG
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGG
EST: gi|193634880|gb|FK583941.1|FK583941
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGG
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGG
EST: gi|21888738|gb|BQ741951.1|BQ741951
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
EST: gi|213602382|gb|DB980445.1|DB980445
EST:     TCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGGATA-TAAAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTGAAGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
genomic: TCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGAT-GGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
EST: gi|10236381|gb|BE805269.1|BE805269
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAC                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
EST: gi|209725602|gb|BW657982.1|BW657982
EST:     GATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
genomic: GATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCC
EST: gi|207777106|gb|GD747893.1|GD747893
EST:     TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAG                         GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAG
genomic: TATCATCAATGCAATGGCTGTCAATGAGGAGGGTGTGATGGTTACTGGAGgtatggaaac ... ctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattatttgtgtcccttgcattaaactttatgccctttttttatcctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG
                         ctttatgccctttttt  CT-rich tract
                   attaaactttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccccaatcttgacttattgtgtcatactgaagaatttgatatggatattatttgtgtcccttgcattaaactttatgccctttttttatcctggttgaagGCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
-cccaatc
- - - - - - - - - - - catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttgca