Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcattgactgttcctgcactctttgtttcttctgtctgcccctaagtcttgctcctctctttagtttttaaactgtgttgtcgtctatgttagctagaaatcaaatataagttggaatttcttttaatgttttaactggagtaacgtcctgatgatgatctttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGCTTGGTGCACAAGCTTAAGACATTCTGAAGCCTTTTTGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G39380.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13788196|gb|BG650788.1|BG650788
EST:     TGCCTCCTTGAGTGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|254342635|gb|GR858797.1|GR858797
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|208174130|gb|GD968609.1|GD968609
EST:     GGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: GGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|254342634|gb|GR858796.1|GR858796
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|298174798|gb|HO017907.1|HO017907
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|193337046|gb|FK302426.1|FK302426
EST:     GCCTCCTTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: GCCTCC-TTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|151402902|gb|EV272715.1|EV272715
EST:     TACCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|254318250|gb|GR832418.1|GR832418
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|193687626|gb|FK633471.1|FK633471
EST:     CCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTACCAAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTA
genomic: CCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGT-CC-AGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTA
EST: gi|58023377|gb|CX710118.1|CX710118
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|254332946|gb|GR850196.1|GR850196
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|151413068|gb|EV282876.1|EV282876
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTACTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: gi|18712744|gb|BM522681.1|BM522681
EST:     TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG                         GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAGgtatgcattg ... tttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttcttttaatgttttaactggagtaacgtcctgatgatgatctttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGCTTGGTGCACAAGCTTAAGACATTCTGAAGCCTTTTTGATG
                                           tctttact  CT-rich tract
      ttttaatgttttaact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcattgactgttcctgcactctttgtttcttctgtctgcccctaagtcttgctcctctctttagtttttaaactgtgttgtcgtctatgttagctagaaatcaaatataagttggaatttcttttaatgttttaactggagtaacgtcctgatgatgatctttactgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGCTTGGTGCACAAGCTTAAGACATTCTGAAGCCTTTTTGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC