1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...caaggagcaatttgttgctagtctggatagggtcgataattattggttgtggttggccattacttttctttccacttaagatttataactgaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTCAAATCCAGATCAACAGCTGACTGGTAGGTTGTCAACTGCTGCTACCCCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G35310.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG GCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTCEST: gi|51343437|gb|CO984170.1|CO984170
genomic: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAGgtaagtaatt ... gaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTC
EST: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG GCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTCEST: gi|23728362|gb|BU762232.1|BU762232
genomic: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAGgtaagtaatt ... gaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTC
EST: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG GCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGC
genomic: GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAGgtaagtaatt ... gaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGC
gttgtggttggccattacttttctttccacttaagatttataactgaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTCAAATCCAGATCAACAGCTGACTGGTAGGTTGTCAACTGCTGCTACCCCA
ttataac putative branch site (score: 2)
ttaagatttataactg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaggagcaatttgttgctagtctggatagggtcgataattattggttgtggttggccattacttttctttccacttaagatttataactgaatatgtagGCATCAAGGAATTGGGAGTTTTGCCACCGAGGCAACTGCTTTTGGATTCTCAAATCCAGATCAACAGCTGACTGGTAGGTTGTCAACTGCTGCTACCCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - gtctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttgg