Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttagttcgttggtatttaacttaggaataagattacttggtgagggtttgaatctgtggcttcatcataaatctaatgaatttattcgctgtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGAATTTGAGTACAATGATCCTGTGGATGGTTCCATCTCATCACATCAGGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34790.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
ttagttcgttggtatttaacttaggaataagattacttggtgagggtttgaatctgtggcttcatcataaatctaatgaatttattcgctgtcttttta--gGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGAATTTGAGTACAATGATCCTGTGGATGGTTCCATCTCATCACATCAGGGA
  | ||      |  |  || ||    |   |  | |       ||||   | |||     |||| |      | | |||||||| |  | | ||| ||  |||| || || || |||   |||||||| || |||||||   | | |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||| 
--aatttaggactcatagacatacattttccacaaatctagattggttattacctgcttgatcatgaagccattgaagaatttatgctgtttatttatacagGATCATAAAAGGAATACACTCAGATGTCTCAAATGTTGCGAAAGCTGATGAATTTGAATACAAAGATCCTGTTGATGGTTCCATCTCAAAGCATCAGGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6567274|gb|AW234885.1|AW234885
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|12774378|gb|BG239305.1|BG239305
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|17519099|gb|BM188141.1|BM188141
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|254347114|gb|GR856784.1|GR856784
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|7591524|gb|AW707255.1|AW707255
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|9899559|gb|BE608527.1|BE608527
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTCCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|8283645|gb|BE021204.1|BE021204
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|12772584|gb|BG237575.1|BG237575
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|208260032|gb|GE057626.1|GE057626
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGG-ATAAGGTCAGAT
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGAT
EST: gi|10844065|gb|BF067402.1|BF067402
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTCCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|10234275|gb|BE803163.1|BE803163
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTCCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|23727044|gb|BU761537.1|BU761537
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTCCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|57575048|gb|CX548023.1|CX548023
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|58017013|gb|CX703755.1|CX703755
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|15812958|gb|BI785233.1|BI785233
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|10232504|gb|BE801392.1|BE801392
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|13312878|gb|BG406529.1|BG406529
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGT
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGT
EST: gi|21600532|gb|BQ610863.1|BQ610863
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|208146838|gb|GD948859.1|GD948859
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTGTTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTCCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|10256335|gb|BE824101.1|BE824101
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTNNTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|27423809|gb|CA935329.1|CA935329
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
EST: gi|7458620|gb|AW666070.1|AW666070
EST:     CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA                         GATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA
genomic: CTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCAgtatgctaat ... gtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgaatctgtggcttcatcataaatctaatgaatttattcgctgtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGAATTTGAGTACAATGATCCTGTGGATGGTTCCATCTCATCACATCAGGGA
                         atctaat  putative branch site (score: 3)
                                       ttcgctgtcttttt  putative PPT
                  atcataaatctaatga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttagttcgttggtatttaacttaggaataagattacttggtgagggtttgaatctgtggcttcatcataaatctaatgaatttattcgctgtctttttagGATTATTAAGGGGATAAGGTCAGATGTTTCGAATGTTGTTCACGGTGATGAATTTGAGTACAATGATCCTGTGGATGGTTCCATCTCATCACATCAGGGA

- - - -gttggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - -cttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgtgg