1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...ttcacgtatcagatacactttttggctctctgatgttgtaccaaacacaactaaaacatgtacgtcattgttttgacttagtttaatgttttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCAGAGCAGTGTCGTGAAGCTGCTGTTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G28950.2 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG GGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTGTTGATEST: gi|21677277|gb|BQ629628.1|BQ629628
genomic: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGGgtatgttctt ... ttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGAT
EST: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG GGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATEST: gi|21887848|gb|BQ741061.1|BQ741061
genomic: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGGgtatgttctt ... ttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGAT
EST: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG GGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATEST: gi|17153820|gb|BM143753.1|BM143753
genomic: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGGgtatgttctt ... ttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGAT
EST: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG GGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGAT
genomic: ACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGGgtatgttctt ... ttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGAT
cacaactaaaacatgtacgtcattgttttgacttagtttaatgttttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCAGAGCAGTGTCGTGAAGCTGCTGTTAA
ttagtttaatgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcacgtatcagatacactttttggctctctgatgttgtaccaaacacaactaaaacatgtacgtcattgttttgacttagtttaatgttttggatatagGGAAGGGACAAGACTCCAGAAGAGAGAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCAGAGCAGTGTCGTGAAGCTGCTGTTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - -gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtac