Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208195868|gb|GD994429.1|GD994429
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|207696288|gb|GD677783.1|GD677783
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAA
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAA
EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|207806471|gb|GD777436.1|GD777436
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: gi|208126411|gb|GD925655.1|GD925655
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGG
EST: gi|208196940|gb|GE001060.1|GE001060
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|193566450|gb|FK522437.1|FK522437
EST:     GTATGCAATCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGT
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGT
EST: gi|13480605|gb|BG509948.1|BG509948
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|208089246|gb|GD886507.1|GD886507
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: gi|193442359|gb|FK407344.1|FK407344
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTT
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTT
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
                           aattgac  putative branch site (score: 3)
                     taatttaattgacata  TA-rich tract