Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatttcttgtaatagtatttctctgtataaatttttgttataaaatagcatatttatttgctgatatttgaatgttctgaccaattattaattttgtatcttgctttgctacatggatgtaccagGAAAGTTACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G29280.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14126732|gb|BG791170.1|BG791170
EST:     GAGACCCCCATTTGTTCACTTTCTCTTTTAATAGAG                         GAAAGTTACAG
genomic: GAGACCCCCATTTGTTCACTTTCTCTTTTAATAGAGgtaaaatttc ... gatgtaccagGAAAGTTACAG
EST: gi|19935055|gb|BQ080085.1|BQ080085
EST:     TAATGACATTGTCAGAGACCCCCATTTGTTCACTTTCTCTTTTAATAGAG                         GAAAGTTACAG
genomic: TAATGACATTGTCAGAGACCCCCATTTGTTCACTTTCTCTTTTAATAGAGgtaaaatttc ... gatgtaccagGAAAGTTACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgttctgaccaattattaattttgtatcttgctttgctacatggatgtaccagGAAAGTTACAG
               tattaat  putative branch site (score: 2)
            aattattaattttgta  TA-rich tract