Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggaactgtctttaaacgcagatgacagcagtgaaaaatacaaatcctacagctgtaagatctttaacaaggcaaccacattctatgtactaacattcttatattttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G37520.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G37520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv08s0007g03960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
gtttggaactgtctttaaacgcagatgacagcagtgaaaaatacaaatcctacagctgtaagatctttaacaaggcaaccacattctatgtactaacat--tcttatattttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTACG
          || |  | |   | ||   ||||| |   | |     | ||  |  | | | ||   | |      |  ||  ||| |  | || ||||  | | ||  ||| ||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||
----------gtttggagat-taaatctgagcagagtctattttggttactgta--tattatattcctcattttttataca-gttcaagttgctgacatggtttgatgattttgtttcagTGGAGAAACTGAGGACACTTTCATTGCTGATCTTTCTGTGGGTTTGGCCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11689246|gb|BF596922.1|BF596922
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|151393954|gb|EV263825.1|EV263825
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|15662135|gb|BI699506.1|BI699506
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|6566448|gb|AW234093.1|AW234093
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209713143|gb|BW653852.1|BW653852
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|213592747|gb|DB981279.1|DB981279
EST:     GTCAGGATGTCC-AAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|214007339|gb|DB986930.1|DB986930
EST:     AAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTG-GAGCTA
genomic: AAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTG-GCTA
EST: gi|209728018|gb|BW666740.1|BW666740
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|27425654|gb|CA937174.1|CA937174
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|21889620|gb|BQ742833.1|BQ742833
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209716342|gb|BW676896.1|BW676896
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209725451|gb|BW658304.1|BW658304
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|254315248|gb|GR830241.1|GR830241
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCCGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|51335443|gb|CO979309.1|CO979309
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|19935365|gb|BQ080395.1|BQ080395
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|207697644|gb|GD680485.1|GD680485
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209716492|gb|BW676942.1|BW676942
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|4300358|gb|AI443036.1|AI443036
EST:     GGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|254320730|gb|GR827179.1|GR827179
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|18690784|gb|BM519632.1|BM519632
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209716148|gb|BW662333.1|BW662333
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|17021632|gb|BM092666.1|BM092666
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|16348013|gb|BI973608.1|BI973608
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|13481453|gb|BG510796.1|BG510796
EST:     GTCAGGATGTCC-AAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|21888828|gb|BQ742041.1|BQ742041
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209703742|gb|BW656875.1|BW656875
EST:     GATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|58024814|gb|CX711555.1|CX711555
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|4302667|gb|AI443366.1|AI443366
EST:     GTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|120491912|gb|EH220079.1|EH220079
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|192332025|gb|FK026319.1|FK026319
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|23063689|gb|BU578600.1|BU578600
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|209708401|gb|BW665376.1|BW665376
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|31461422|gb|CD403450.1|CD403450
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|14516239|gb|BI094911.1|BI094911
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|14990742|gb|BI316415.1|BI316415
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|254325332|gb|GR838213.1|GR838213
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|6846455|gb|AW348745.1|AW348745
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|14516240|gb|BI094912.1|BI094912
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|22522608|gb|BU081419.1|BU081419
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|208317560|gb|GE114885.1|GE114885
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTT
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTT
EST: gi|213603040|gb|DB980964.1|DB980964
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|7639418|gb|AW733741.1|AW733741
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTG
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTG
EST: gi|18730034|gb|BM525642.1|BM525642
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|18039384|gb|BM307678.1|BM307678
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|21602235|gb|BQ612566.1|BQ612566
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|208030928|gb|GD828028.1|GD828028
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|6848147|gb|AW350437.1|AW350437
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|26059076|gb|CA801990.1|CA801990
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|8401561|gb|BE057125.1|BE057125
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|193410885|gb|FK378944.1|FK378944
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|58021795|gb|CX708536.1|CX708536
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|13252038|gb|BG362941.1|BG362941
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|213593444|gb|DB977131.1|DB977131
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|298169068|gb|HO020428.1|HO020428
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|9819668|gb|BE555181.1|BE555181
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
EST: gi|31311192|gb|CD396395.1|CD396395
EST:     GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAG                         TGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC
genomic: GTCAGGATGTCCAAAAAAGCTGGATGGGGTGTCATGGCCAGTCACAGAAGgtttggaact ... ttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttaacaaggcaaccacattctatgtactaacattcttatattttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTACG
                           tactaac  putative branch site (score: 0)
                              taacattcttatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttggaactgtctttaaacgcagatgacagcagtgaaaaatacaaatcctacagctgtaagatctttaacaaggcaaccacattctatgtactaacattcttatattttggttgcagTGGAGAGACTGAGGATACCTTCATTGCTGACCTTTCTGTTGGTTTGGCTACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT