Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgtttctattcttggttcctagcagtatgaaatctgagtttctgatctagttcacttaatagcatgtactcactgttttcattttttatttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30450.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G30450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv08s0040g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
cgtttctattcttggttcctagcagtatgaaatc--tgagtttctgatctagttcacttaatagcatgtactcactgttttcattttttat-ttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG
      |||  ||  |  |  |   | ||  |||  |  | || |  | |||||     |    || ||| | || |  | | |  ||| |  ||   |||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| 
--ccattatcatttatctcctgttttttgtgatccttatgcttttagtttagttttggaagctaca-gtagttaccgggtacttactttctgctccaatgcagTGATGTTGTTGAGATGGCAAGCTATGCACCACTTTTTGTGAATTCCAATGACAGGAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23725399|gb|BU760653.1|BU760653
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|33390367|gb|CA853562.1|CA853562
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|15285857|gb|BI469748.1|BI469748
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|13312086|gb|BG405737.1|BG405737
EST:     CTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: CTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|22523685|gb|BU082496.1|BU082496
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|21888837|gb|BQ742050.1|BQ742050
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|4291961|gb|AI437694.1|AI437694
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGC
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGC
EST: gi|13181153|gb|BG352493.1|BG352493
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGCTTCCTAATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttatactt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctagttcacttaatagcatgtactcactgttttcattttttatttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG
                     tactcac  putative branch site (score: 1)
                           ctgttttcatttttta  CT-rich tract
                            tgttttcattttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgtttctattcttggttcctagcagtatgaaatctgagtttctgatctagttcacttaatagcatgtactcactgttttcattttttatttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG

- - - - - - tggttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgta