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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtttcatttaaaaccaatgctatattgttggctatgtggatacatatgcaattaactttattttgcagGCCAGATTTTGAGGCTGGATTGCAAGACTTTAAAAATCGTCTAGAAAATTATGAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G06770.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17964344|gb|BM271080.1|BM271080
EST:     GAAAGGAATATTCGCCTTAAAATTCAGCAAAGTCCTGATTATGCAGAAGA                         GCCAGATTTTGAGGCTGGATTGCAAGACTTTAAAAATCGTCTAGAAAATTA
genomic: GAAAGGAATATTCGCCTTAAAATTCAGCAAAGTCCTGATTATGCAGAAGAgtaatgtttc ... tattttgcagGCCAGATTTTGAGGCTGGATTGCAAGACTTTAAAAATCGTCTAGAAAATTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaatgctatattgttggctatgtggatacatatgcaattaactttattttgcagGCCAGATTTTGAGGCTGGATTGCAAGACTTTAAAAATCGTCTAGAAAATTATGAGAAG
                                    aattaac  putative branch site (score: 2)
                                          ctttatttt  CT-rich tract
                              atatgcaattaacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaatgtttcatttaaaaccaatgctatattgttggctatgtggatacatatgcaattaactttattttgcagGCCAGATTTTGAGGCTGGATTGCAAGACTTTAAAAATCGTCTAGAAAATTATGAGAAG

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