1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...agttatggctgacacttatatccaacatgttacttgtctgctgagcacataattgtgttatcttctgatgtggtcattgtgattaaacacgtatttgcagGAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCAAGGACGACCGGAGCTCCACAGAATCACTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G10610.1 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTAACAGCTGCTGTAGTTTCAAATGATCCTTTGTTTTTACAG GAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCAEST: gi|207839566|gb|GD811747.1|GD811747
genomic: TTTAACAGCTGCTGTAGTTTCAAATGATCCTTTGTTTTTACAGgcaagacttt ... gtatttgcagGAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCA
EST: AAATGATCC-TTGTTTTTACAG GAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCA
genomic: AAATGATCCTTTGTTTTTACAGgcaagacttt ... gtatttgcagGAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCA
cacataattgtgttatcttctgatgtggtcattgtgattaaacacgtatttgcagGAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCAAGGACGACCGGAGCTCCACAGAATCACTG
ttctgat putative branch site (score: 3)
tgattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agttatggctgacacttatatccaacatgttacttgtctgctgagcacataattgtgttatcttctgatgtggtcattgtgattaaacacgtatttgcagGAAGTCATTGGCAAATCAGTAAATGGTACTACTTATGCTGGTTTAAGAGCAAGGACGACCGGAGCTCCACAGAATCACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - ctgacac
- - - - - - - - - - -ccaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgtgg