Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgtttctcttagtatttcattttctttatgcatttttgcagggtgtgttccaactaaaaggaacttcttggtttgctttgcggttttttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G41690.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|48574885|gb|CO036126.1|CO036126
EST:     GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAG                         GTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
genomic: GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAGgtttgtgttt ... tttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
EST: gi|151400125|gb|EV269939.1|EV269939
EST:     GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAG                         GTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
genomic: GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAGgtttgtgttt ... tttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
EST: gi|151404401|gb|EV274211.1|EV274211
EST:     GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAG                         GTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
genomic: GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAGgtttgtgttt ... tttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
EST: gi|298198520|gb|HO040059.1|HO040059
EST:     GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAG                         GTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
genomic: GGTCCTCTAATCAATGAAGCTGCTGTCAAAAAGgtttgtgttt ... tttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtgtgttccaactaaaaggaacttcttggtttgctttgcggttttttcttacagGTTGAGTCCTTAATTCATGATGCTACATCAAAG
          aactaaa  putative branch site (score: 2)
                                          ttttttcttac  putative PPT
                                          ttttttctta  TA-rich tract