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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgttgcatcttattatattgttctgagatgtgtgatcacattataaactaacaaatgaattcatatacctatgttaaaggttttattaattttttttggtagacattcaaaggttttatttataattgtgtccagGAACTTTCGATGGAAGAGCTGGGGTTGAGTGCTGTCCCATCAGAAGTATGGGAATCAGGGGAGGTCATAAAACTTAATCTATCCAGAAACTCCATCCAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G35440.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7924738|gb|AW830764.1|AW830764
EST:     CAACAAAAGAGGTGATCACAATGGCTACCCGATTGTCTATCTCTTCAAAG                         GAACTTTCGATGGAAGAGCTGGGGTTGAGTGCTGTCCCATCAGAAGTATGG
genomic: CAACAAAAGAGGTGATCACAATGGCTACCCGATTGTCTATCTCTTCAAAGgtgttgcatc ... ttgtgtccagGAACTTTCGATGGAAGAGCTGGGGTTGAGTGCTGTCCCATCAGAAGTATGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttattaattttttttggtagacattcaaaggttttatttataattgtgtccagGAACTTTCGATGGAAGAGCTGGGGTTGAGTGCTGTCCCATCAGAAGTATGGGAATCAGGGGAGGTCATAAAACTTAATCTATCCAGAAACTCCATCCAGG
   tattaat  putative branch site (score: 2)
                        attcaaaggttttatt  TA-rich tract