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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agacaaaacttaaaagtccttcagtagtgtttattaatttttatttgagctactgaaatcttaatcttctgtgattgatctattgatcttatgtttgcagACAAAACTTAAAAGTGCTGTTCAGCTGCAAGATCTGTTAGATGCCACACGGATGCTGGTGCCTCGCACTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G05060.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G05060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT3G01310.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
agACAAAACTTAAAAGTCCTTCAGTAGTGTTTATTAATTTTTATTTGAGCTACTGAAATCTTAATCTTCTGTGATTGATCTATTGATCTTATGTTTGCAGACAAAACTTAAAAGTGCTGTTCAGCTGCAAGATCTGTTAGATGCCACACGGATGCTGGTGCCTCGCACTAG
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---------gtgagaggc--tca--agtctttat-atcttcaagttcagcttgtcttgattaatttgcttatactgtgtcaatttctcccct-tttgcagACCAAACTTAAGAGTGCCGTCCAGTTGCAAGATCTATTAGATGCCACAAGAATGTTAGTTCCCCGTACAAG

upper sequence: GLYMA13G05060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv14s0066g02540.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
------agACAAAACTTAAAAGTCCTTCAGTAGTGTTTATTA-ATTTTTATTTGAGCTACTGAAATCTTAATCTTCTG--TGATTGATCTATTGATCTTATGTTT-GCAGACAAAACTTAAAAGTGCTGTTCAGCTGCAAGATCTGTTAGATGCCACACGGATGCTGGTGCCTCGCACTAG
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gtgcttactttcccttcatctttttctcattttgttttattgtattgtcaatattcttatttatgtaatcgcttattagatggtgcatttgttgatgatctcttttgcagACAAAACTCAAGAGTGCTATCCAGTTGCAAGATTTGTTGGATGCCACACGGATGCTTGTACCACGCACAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagctactgaaatcttaatcttctgtgattgatctattgatcttatgtttgcagACAAAACTTAAAAGTGCTGTTCAGCTGCAAGATCTGTTAGATGCCACACGGATGCTGGTGCCTCGCACTAG
                                   tattgat  putative branch site (score: 3)
          aaatcttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agacaaaacttaaaagtccttcagtagtgtttattaatttttatttgagctactgaaatcttaatcttctgtgattgatctattgatcttatgtttgcagACAAAACTTAAAAGTGCTGTTCAGCTGCAAGATCTGTTAGATGCCACACGGATGCTGGTGCCTCGCACTAG

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- -caaaact
- - - - - - - - tccttca
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