Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaaactaaagcaattcatgtgctattttttttcttttgtttctatacttttatacaattattgactgatatgcttgagttgtgaatataccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCCGAGCTCTGAGTATATCAGTTCTTCGTGACATTTTGCATACTGGTTCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G36600.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G36600.2 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv18s0157g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
---caaaactaaagcaattcatgtgctattttttttcttttgtttctata-cttttataca--attattgactgatatgcttgagttgtgaatataccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCCGAGCTCTGAGTATATCAGTTCTTCGTGACATTTTGCATACTGGTTCAA
      | |   || |   ||   | | ||    | ||||  ||||| ||  |||||||||  |   ||  || || || || |  || |    |    | ||||||||||  |  ||||||| ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || | |||||||||||||||  || |||| | ||| ||||
attggcatcctcagtag--cagaagattttcacatgctttgatttctttaatttttatacactaccttttgctaatgtgatttatctggg----tgattcttgcagTGTCGTGTACCAGCTACCATCCGATGCCTTTCTCATCCAAGCGCACATGTCCGTGCCCTCAGCACATCAGTTCTTCGTGATGTTCTGCAAAGTGGCTCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193628295|gb|FK576783.1|FK576783
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|11689078|gb|BF596754.1|BF596754
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|7458573|gb|AW666023.1|AW666023
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTNTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|15285751|gb|BI469642.1|BI469642
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22541757|gb|BU091600.1|BU091600
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|19346261|gb|BM891141.1|BM891141
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|151406577|gb|EV276392.1|EV276392
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|7326803|gb|AW620601.1|AW620601
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|9259983|gb|BE348130.1|BE348130
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|20449593|gb|BQ253717.1|BQ253717
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|31457075|gb|CD399103.1|CD399103
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|14205294|gb|BG838972.1|BG838972
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTTTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|27424288|gb|CA935808.1|CA935808
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|21602771|gb|BQ613102.1|BQ613102
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|18732701|gb|BM527196.1|BM527196
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|208186103|gb|GD985878.1|GD985878
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|208313707|gb|GE113001.1|GE113001
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22524291|gb|BU083102.1|BU083102
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|13480049|gb|BG509392.1|BG509392
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|20812788|gb|BQ297266.1|BQ297266
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|18732630|gb|BM527150.1|BM527150
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22523414|gb|BU082225.1|BU082225
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|207679548|gb|GD662168.1|GD662168
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|10234461|gb|BE803349.1|BE803349
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22523608|gb|BU082419.1|BU082419
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|8401808|gb|BE057442.1|BE057442
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacttttatacaattattgactgatatgcttgagttgtgaatataccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCCGAGCTCTGAGTATATCAGTTCTTCGTGACATTTTGCATACTGGTTCAA
     ttatacaattattga  TA-rich tract