Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttgctgttgatgcattatggttcacagattgctgcatgcctgcatgtacacaacttaaggtttttataatatgaagcttaggtcattcatatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAACAGTCTTACGCCTTCTAATCCTATTTTCGATTACTAATTCTGGGTTGCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35210.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35210.2 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv13s0019g04720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
atttgctgttgatgcattatg-gttcacagattgctgcatgcctgcatgta-cacaacttaaggtttttataatatgaagcttaggtcattcatatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAACAGTCTTACGCCTTCTAATCCTATTTTCGATTACTAATTCTGGGTTGCCA
   | |   ||   ||| ||  |||  | |||| ||   |  |  |  | |    |   | |  ||||| | ||  | | || |  |  || ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |    |  ||| | |||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||| |||
--ctccaagtgtgacatgattcgtttcctgatttcttgctttccactcgcaatgtattcttacattttttttatggggaactgatctggtttatgaatgcagATGCTTTGAGTACATTGAAGAAATGATCCATAAGCAGGAGCCTCTTGTCAACGTCCTGCGCCTTCTCATTTTATTTTCAATTACAAATTCAGGGTTACCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298183650|gb|HO028863.1|HO028863
EST:     GGCCCAGAGTTATGATAT                         ATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
genomic: GGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaat ... atatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
EST: gi|208058024|gb|GD859357.1|GD859357
EST:     GGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATAT                         ATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
genomic: GGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaat ... atatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtacacaacttaaggtttttataatatgaagcttaggtcattcatatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAACAGTCTTACGCCTTCTAATCCTATTTTCGATTACTAATTCTGGGTTGCCA
        aacttaaggtttttat  TA-rich tract