Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccatcctatttgttagcttgggatttgtgttgtaatcctgaaaatgctccttttgatgttgtgatagagttgtgacttcactacttgcttttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGTTAAGGATTCAGGGGGCTCTGTCCATGTATTTTCGTCCATGCATGTCTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G31310.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207798665|gb|GD769078.1|GD769078
EST:     AACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|193661647|gb|FK602601.1|FK602601
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAACGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|23730712|gb|BU763451.1|BU763451
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|19270278|gb|BM886534.1|BM886534
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|14011604|gb|BG726526.1|BG726526
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|19345947|gb|BM890827.1|BM890827
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|10231661|gb|BE800549.1|BE800549
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|22928753|gb|BU545892.1|BU545892
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|208081318|gb|GD881650.1|GD881650
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTA
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTA
EST: gi|21602012|gb|BQ612343.1|BQ612343
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|7690977|gb|AW759112.1|AW759112
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
EST: gi|31471412|gb|CD413440.1|CD413440
EST:     AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG                         GAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT
genomic: AATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAGgtttgtatga ... ttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctccttttgatgttgtgatagagttgtgacttcactacttgcttttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGTTAAGGATTCAGGGGGCTCTGTCCATGTATTTTCGTCCATGCATGTCTCT
     ttttgat  putative branch site (score: 4)
 cttgctttt  putative PPT
 ttttgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccatcctatttgttagcttgggatttgtgttgtaatcctgaaaatgctccttttgatgttgtgatagagttgtgacttcactacttgcttttggttatagGAATTCAGATATAGCAACAAGAAAAAAGTATGTTAACTTGGTCAACTCTGTTAAGGATTCAGGGGGCTCTGTCCATGTATTTTCGTCCATGCATGTCTCT

ccatcct
- - - - - - - - - - ggatttg
- - - - - - - - - - - - - -tgttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acttcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacttgc