Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttcatgtatttcattctaatcatattacaatatacatttgccctttaaaatcttgcaactttaaatagcacatttcatggtgtctatgatacacttgtgaaccttgtctttatagaaaacattatgtttcgagtgtgttcaagcaatgtggtctatttggtattttgcagGTGTTAGATTTTTTTAATAGTCGCATGGATGCCCAAAGAATGAATGGTGATTGGTCTGTCAATTTAGTGCTCCAAGTGATAATTATGAACTGTCGGTCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G00550.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G00550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv05s0020g04100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
gtatgtttcatgtatttcattctaatcatattacaatatacatttgccctttaaaatcttgcaactt--taaatagcacatttca-tggtgtctatgata--cacttgtgaaccttgtctttatagaaa----acattatgttt-cgagtgtgttcaagcaatgtggtctatttggt-attttgcagGTGTTAGATTTTTTTAATAGTCGCATGGATGCCCAAAGAATGAATGGTGATTGGTCTGTCAATTTAGTGCTCCAAGTGATAATTATGAACTGTCGGTCTT
||  | | ||  | |||  ||  || |||  |    |||  || | |  ||  ||||||||||| ||   ||| ||||  |||   ||||   | | |||    | | | | | || |   |||  |||    | | |||| ||      ||| |  || | | |    |   || | |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||  |   ||| |||||||| ||||| || |||||  | ||||
gtgagctccagattttttgtttaaaccatggtttt-tatttatct-cttttacaaatcttgcaatttatcaaagagcaggtttaggtggtagttgtaataactgcctataagctttcttagtatctaaattttatagtatgcttgtctacgtgcttcagaattatatgatgcctgcttattttttagGTATTAGATTTTTTCAATAGTCGCATGGATGCCCAAGGAATGAATGGTGGATGGTCAGTTGAGAAAGTTCTCCAAGTCATAATCATCAACTGCAGATCTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaacattatgtttcgagtgtgttcaagcaatgtggtctatttggtattttgcagGTGTTAGATTTTTTTAATAGTCGCATGGATGCCCAAAGAATGAATGGTGATTGGTCTGTCAATTTAGTGCTCCAAGTGATAATTATGAACTGTCGGTCTT
     attatgttt  TA-rich tract