Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggaaacattttgaatgcccactgttcatttaatgaccaaataagttttattttgtaagaaaatatgccaaattttataaattgattttatgatctttggttgaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAACCCACGAGCACATCAAGTTTTTTATTCTGGCTGCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G32870.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7591109|gb|AW706849.1|AW706849
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAGCATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAGCATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAA
EST: gi|120493682|gb|EH221849.1|EH221849
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAGCATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAGCATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaaaatatgccaaattttataaattgattttatgatctttggttgaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCTTATTGCAAGTTCCGTGATTTTGACATGAACCCACGAGCACATCAAGTTTTTTATTCTGGCTGCCAG
                      aattgat  putative branch site (score: 4)
            aaattttataaattga  TA-rich tract