Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcaagcacgcagttctgaacacaggccattaccgttagttgtttagtattaagcaactttgatctatagttaatttttttatttttgctttgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTTGAACCAAGTGTACAAGCATGATGAAAAAAAACATCAGATGGGTTGTACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G31980.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192332939|gb|FK025036.1|FK025036
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|22524615|gb|BU083426.1|BU083426
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|7283893|gb|AW596495.1|AW596495
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|23052872|gb|BU577363.1|BU577363
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|192315739|gb|FK011207.1|FK011207
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|22523020|gb|BU081831.1|BU081831
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|120530612|gb|EH258745.1|EH258745
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|192315738|gb|FK011206.1|FK011206
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|31459846|gb|CD401874.1|CD401874
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
EST: gi|192308964|gb|FK001740.1|FK001740
EST:     CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAG                         ATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT
genomic: CAATGGGAAATTATGCAGTTTCAATAACTTGGCCTGATGGGTTTAGTCAGgtaatatata ... tgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattaagcaactttgatctatagttaatttttttatttttgctttgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTTGAACCAAGTGTACAAGCATGATGAAAAAAAACATCAGATGGGTTGTACT
                      agttaat  putative branch site (score: 4)
                            tttttttatttttgct  CT-rich tract
            tttgatctatagttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaagcacgcagttctgaacacaggccattaccgttagttgtttagtattaagcaactttgatctatagttaatttttttatttttgctttgtgttgcagATTGCTCCTTATGATCAATTGCAGATGATTGAACGGCTAGTTGATGTTTTTGAACCAAGTGTACAAGCATGATGAAAAAAAACATCAGATGGGTTGTACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
-caagcac
- - - - - - -tctgaac
- - - - - - - - - - acaggcc