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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatttttggtcttgagtcacttagtcttaattaattggttcttgtttctaaacattttagcactgaaaatgtatatattggtgtcacttaactggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTACGGGCCTACCACCATTCAGCACAAACTAAAGCCGATAAGAAACATTTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G12970.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G12970.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G110626_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
aatttttggtcttgagtcacttagtcttaattaattggttcttgtttctaaacattttagcactgaaaatgtatatattggtgtcacttaactggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTACGGGCCTACCACCATTCAGCACAAACTAAAGCCGATAAGAAACATTTAT
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--------gttttgatctgttctattctacttatatttcccttttcaccaatcaacatagca-tagcaatg---accttgctgcaac--aac------agGTACTTTCTGTTAATGCTGCAAAAGATGCAACTGAGCTTGTAGCAAAGCTTAGGGCATATCATCATACTGCTCAAACAAAGGCCGATAAGCAACATTATT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10844852|gb|BF071031.1|BF071031
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCACAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|58021211|gb|CX707953.1|CX707953
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|298168848|gb|HO009778.1|HO009778
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|192311649|gb|FK004868.1|FK004868
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|298165014|gb|HO011063.1|HO011063
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGTTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|10255075|gb|BE822841.1|BE822841
EST:     AGCAGNNNNCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|120495038|gb|EH223205.1|EH223205
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAAGGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|58022777|gb|CX709518.1|CX709518
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|14125209|gb|BG789656.1|BG789656
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|193460209|gb|FK426670.1|FK426670
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|58017859|gb|CX704601.1|CX704601
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|15200044|gb|BI424143.1|BI424143
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|18040540|gb|BM308834.1|BM308834
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCACAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|51335203|gb|CO979069.1|CO979069
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCACAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|58019703|gb|CX706445.1|CX706445
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
EST: gi|151398434|gb|EV268305.1|EV268305
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTGTTAATTATTCCAAAGgtaagttaca ... actggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctaaacattttagcactgaaaatgtatatattggtgtcacttaactggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTACGGGCCTACCACCATTCAGCACAAACTAAAGCCGATAAGAAACATTTAT
                  tgaaaatgtatatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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aatttttggtcttgagtcacttagtcttaattaattggttcttgtttctaaacattttagcactgaaaatgtatatattggtgtcacttaactggtccagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTCGCAAAATTACGGGCCTACCACCATTCAGCACAAACTAAAGCCGATAAGAAACATTTAT

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