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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacaagtggctaggttatttcattatgcaacatagatatggccaaaactaggccacagatattgtttgcttctaatctgtgcaattttcctcctgttgctttcgcaatagCTTGGCATACTCAATGCGGAAAATGATGGCAGACAAGGCCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00630.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193671067|gb|FK608345.1|FK608345
EST:     GTGGCAGTCCCTGAAGGTCTACCTTTGGCTGTTACCTTAAC                         CTTGGCATACTCAATGCGGAAAATGATGGCAGACAAGGCCTTG
genomic: GTGGCAGTCCCTGAAGGTCTACCTTTGGCTGTTACCTTAACgtaagtacaa ... ttcgcaatagCTTGGCATACTCAATGCGGAAAATGATGGCAGACAAGGCCTTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagatattgtttgcttctaatctgtgcaattttcctcctgttgctttcgcaatagCTTGGCATACTCAATGCGGAAAATGATGGCAGACAAGGCCTTG
              ttctaat  putative branch site (score: 2)
                             ttttcctcctgttgct  putative PPT
                           aatttt  TA-rich tract