1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...atgctatggaattgcactcgactattgtatccatcttcctagttcctacaaacagaaaatggcatttttactaagacatttttttctccccttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGATTGCTCTGCAGAATGAAGCTCAAGAGAATGCTGCCTCGGATGCAGCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G05890.1 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATG GTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGEST: gi|120531108|gb|EH259241.1|EH259241
genomic: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATGgtatgttggg ... cttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGG
EST: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATG GTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGEST: gi|26269242|gb|CA820305.1|CA820305
genomic: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATGgtatgttggg ... cttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGG
EST: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATG GTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGEST: gi|31561316|gb|CD487154.1|CD487154
genomic: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATGgtatgttggg ... cttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGG
EST: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATG GTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGG
genomic: AATCTGGATTTATTTCCTCTCTGAAAGCTGCTGGACATCATGTTGCAATGgtatgttggg ... cttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGG
ctacaaacagaaaatggcatttttactaagacatttttttctccccttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGATTGCTCTGCAGAATGAAGCTCAAGAGAATGCTGCCTCGGATGCAGCAT
catttttttctcccct CT-rich tract
atttttactaagacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgctatggaattgcactcgactattgtatccatcttcctagttcctacaaacagaaaatggcatttttactaagacatttttttctccccttcattaagGTAGGTGATGGGATAAATGATGCACCCTCTTTGGCTGTGGCTGATGTTGGGATTGCTCTGCAGAATGAAGCTCAAGAGAATGCTGCCTCGGATGCAGCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
-tgctatg
- - - - - - tgcactc
- - - - - - - - - - - - - - - -catcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcattt