Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctattattactatttcctcaactactttatgccaaggcaatgctgctctttatctgtatcctaaaccgtgttaaaatctcagGGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G35310.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6069441|gb|AW099127.1|AW099127
EST:     TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGG                         GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
genomic: TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGGgtatgcctat ... aaaatctcagGGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
EST: gi|51343437|gb|CO984170.1|CO984170
EST:     TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGG                         GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
genomic: TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGGgtatgcctat ... aaaatctcagGGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
EST: gi|23728362|gb|BU762232.1|BU762232
EST:     TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGG                         GGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
genomic: TTATGTATCGCCTCCTCAAGCACAAACTCTTGCACCAGCAATGGGACTGGgtatgcctat ... aaaatctcagGGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgccaaggcaatgctgctctttatctgtatcctaaaccgtgttaaaatctcagGGGCATACATGGGACAACAAATGGCAACTAACATGCCAATGCCAAG
                               tcctaaa  putative branch site (score: 2)
                                         tgttaaaat  TA-rich tract