Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtgacctcaatttttttttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34790.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaa-atcagttagtgacctcaatttttttttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA
|||||||| | |  | |  | |  |  | |   | ||    | ||| |  |||  |||      |||| || ||    ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||| ||||||| ||| |
gtatgatatact-acctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattatt----cttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6567274|gb|AW234885.1|AW234885
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|12774378|gb|BG239305.1|BG239305
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|17519099|gb|BM188141.1|BM188141
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|254347114|gb|GR856784.1|GR856784
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|7591524|gb|AW707255.1|AW707255
EST:     CTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: CTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|9899559|gb|BE608527.1|BE608527
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|27426004|gb|CA937524.1|CA937524
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAAGTGCAGCAAAGGAACTGATG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATG
EST: gi|193509445|gb|FK466657.1|FK466657
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|8283645|gb|BE021204.1|BE021204
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|12772584|gb|BG237575.1|BG237575
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|208260032|gb|GE057626.1|GE057626
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10844065|gb|BF067402.1|BF067402
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|23727044|gb|BU761537.1|BU761537
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|57575048|gb|CX548023.1|CX548023
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|58017013|gb|CX703755.1|CX703755
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|15812958|gb|BI785233.1|BI785233
EST:     CTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: CTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10232504|gb|BE801392.1|BE801392
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|13312878|gb|BG406529.1|BG406529
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|21600532|gb|BQ610863.1|BQ610863
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|208146838|gb|GD948859.1|GD948859
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10256335|gb|BE824101.1|BE824101
EST:     AGCATTGGGCTANNTATGGGCNNCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGNATGCAGGTNNAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|193518365|gb|FK476650.1|FK476650
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGC
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGC
EST: gi|27423809|gb|CA935329.1|CA935329
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|7458620|gb|AW666070.1|AW666070
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttataattggttttgaaaatcagttagtgacctcaatttttttttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA
                                cctcaatttttttttc  CT-rich tract
                                    aatttttttttcctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtgacctcaatttttttttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT