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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgtctttttgggccatcttatgacaccactcctatttttacccagatattgattaatgagtttttttccccaaattttttagGTAGTGAAGCCCTGTGGACGTATTAATGCTTGCATGGCCGTTGGAAGAGATACATTATACATATATGGTGGCATGATGGAGATTAAAGATCAAGAAATCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G36770.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G36770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT5G50310.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
gttgtctttttgggccatcttatgacaccac------tcctatttttacccagatattgattaatgagtttttttccccaaattttt-tagGTAGTGAAGCCCTGTGGACGTATTAATGCTTGCATGGCCGTTGGAAGAGATACATTATACATATATGGTGGCATGATGGAGATTAAAGATCAAGAAATCA
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gtt-tgttttggcaaaattcattaacattgtgtaatttcctttactagctttggtgttatcttgttaatcgttgcaattatttccttgcagGTTGTAAAACCATGTGGACGTATTAATTCCTGTATGGTCGTTGGGAAGGATACCTTATACATATATGGTGGCATGATGGAGATAAAAGATAAAGAAGTTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcctatttttacccagatattgattaatgagtttttttccccaaattttttagGTAGTGAAGCCCTGTGGACGTATTAATGCTTGCATGGCCGTTGGAAGAGATACATTATACATATATGGTGGCATGATGGAGATTAAAGATCAAGAAATCA
                       gattaat  putative branch site (score: 3)
                                               tttttt  putative PPT
                  atattgattaatgagt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttgtctttttgggccatcttatgacaccactcctatttttacccagatattgattaatgagtttttttccccaaattttttagGTAGTGAAGCCCTGTGGACGTATTAATGCTTGCATGGCCGTTGGAAGAGATACATTATACATATATGGTGGCATGATGGAGATTAAAGATCAAGAAATCA

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