Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttttctcaaatcatgtggttcctcttctgtttctttattctgatatttgtgaataaagattaatatgccccttaacagcagctattttgtttttttatttgcaataattttttattaatagcatgatgatgatgtgttatgtagGTGTTGGAGACAAACAGAGTTGAGGAGTCCCAGAGTCATGTTCACAGAATGTACTTTATGGGACCTAATACTTTCAGTGAGCCCTGGCATCTGCCACATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G09230.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G09230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT5G11700.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
gtttttctcaaatcatgtggttcctcttctgtttctttattctgatatttgtgaataaagattaatatgccccttaacagcagctattttgtttttttatttgcaataattttttattaatagcatgatgatgatgtgttatgt-agGTGTTGGAGACAAACAGAGTTGAGGAGTCCCAGAGTCATGTTCACAGAATGTACTTTATGGGACCTAATACTTTCAGTGAGCCCTGGCATCTGCCACATA
                                          | || |||||  | ||    |||| |   |   |  | | || |     |  || ||||    | | | || |  |  |    | || ||| | |  | ||| |||||||||| ||||| |||| |||| | || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||  |||| |
----------------------------------------agtaatgtttgttcaaaagacataat-tcagcgaaataatccgccaaacactccttatatt----acagtgttgtgctgctgt--ttataatgttattctttgtcagGTGTTGGAAACAAATAGAGCTGAGCAATCTCAGAGTCATGTGCATAGAATGTATTTTATGGGTCCTAATACATTCAGTGAACCGTGGCATCTCTCACACA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttttatttgcaataattttttattaatagcatgatgatgatgtgttatgtagGTGTTGGAGACAAACAGAGTTGAGGAGTCCCAGAGTCATGTTCACAGAATGTACTTTATGGGACCTAATACTTTCAGTGAGCCCTGGCATCTGCCACATA
                       tattaat  putative branch site (score: 2)
     ttatttgcaataattt  TA-rich tract