Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaacttctttattatattgtgttgtcattttatccgcacttgttttagctggttgatcaggtcatatatgattgaaccgatttattctgatttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAATTGCCTACATCAGTTCCACAAAGTACTGCATACGGAGCCTATCCTCCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G32410.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14991751|gb|BI317424.1|BI317424
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|7147266|gb|AW509188.1|AW509188
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|7924613|gb|AW830639.1|AW830639
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|254341006|gb|GR854734.1|GR854734
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|151402465|gb|EV272278.1|EV272278
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|11275016|gb|BF325340.1|BF325340
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAAC
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAAC
EST: gi|151398619|gb|EV268490.1|EV268490
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAA                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTG
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTG
EST: gi|298173373|gb|HO016709.1|HO016709
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|17153380|gb|BM143313.1|BM143313
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGNGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCG
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCG
EST: gi|51335228|gb|CO979094.1|CO979094
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
EST: gi|51343099|gb|CO983832.1|CO983832
EST:     CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA
genomic: CAGTTACACAAGCACAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAACAGgtagagtatc ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagctggttgatcaggtcatatatgattgaaccgatttattctgatttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAATTGCCTACATCAGTTCCACAAAGTACTGCATACGGAGCCTATCCTCCTG
                                  atttattctgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaacttctttattatattgtgttgtcattttatccgcacttgttttagctggttgatcaggtcatatatgattgaaccgatttattctgatttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGGGCAACTATGCGAATTCTCAATTGCCTACATCAGTTCCACAAAGTACTGCATACGGAGCCTATCCTCCTG

- - - - - - - - - -tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - cacttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctggtt