Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattctgcattgctttaatgatgattcacgtttgttgtgtcttgaggatcttttttggatgtttccacttttttttttcttttatgattgtggtagactcccctttcctgtatagaactctccctgtcccaccaatgagtggagaaagaactatttatatcttatggtgaatgtgtctgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGATTGGATAATGACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G02480.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G02480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G133919_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtacattctgcattgctttaatgatgattcacgtttgttgtgtcttgaggatcttttttggatgtttccacttttttttttcttttatgattgtggtagactcccctttcctgtatagaactctccctgtcccaccaatgagtggagaaagaactatttatatcttatggtgaatgtgtctgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGATTGGATAATGACAAG
                                                                                   |   || |||| |    ||       | ||| | |    ||  || |   ||   |  || |||          | ||| | | |        ||||  | || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| |||
----------------------------------------------------------------------------------gtaggtggttgttgct--ctgaatgcccttgtgttgtgtcctgtct-ttatactcctaggttgagg------cgctaataccatgt------catgtccttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGTTTGGATGATGAGAAG

upper sequence: GLYMA01G02480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv00s0211g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtacattctgcattgctttaatgatgattcacgtttgttgtgtcttgaggatcttttttggatgtttccacttttttttttcttttatgattgtggtagactcccctttcctgtatagaactctccctgtcccaccaatgagtggagaaagaactatttatatcttatg---gtgaatgtgtctgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGATTGGATAATGACAAG
                                                                                 |||||||  ||  ||| || |         | | |     | |   |||   ||  |||    || |   |  |||||   |||| |    |||||  |     || |||||||||| |||||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||
---------------------------------------------------------------------------------cttttatctttaaggtcgatt---------tatgtgagcgtttgggtgt---acggatgtagagaaactcatttattttcctcttctaaaagtgaaaataatgattttgcagTGGGCAGAGGTCTTATCTGCAGATGCTTTCTCTGCCTTTGAGGATGCTGGATTGGATGATGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31308726|gb|CD393929.1|CD393929
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|16277230|gb|BI942273.1|BI942273
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATNTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|193696079|gb|FK637547.1|FK637547
EST:     GGCTGGATACTATTAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGG
genomic: GGCTGGATACTA-TAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCT-GCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGG
EST: gi|58024369|gb|CX711110.1|CX711110
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|31310299|gb|CD395502.1|CD395502
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|209720203|gb|BW674541.1|BW674541
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|254336792|gb|GR842971.1|GR842971
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|58021287|gb|CX708029.1|CX708029
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|58018001|gb|CX704743.1|CX704743
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|16284148|gb|BI945931.1|BI945931
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|31462999|gb|CD405027.1|CD405027
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|58022383|gb|CX709124.1|CX709124
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
EST: gi|17022026|gb|BM093060.1|BM093060
EST:     GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAG                         TGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA
genomic: GTGGATATGCGGCTGGATACTATAGTTACAAGgtacattctg ... tgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgagtggagaaagaactatttatatcttatggtgaatgtgtctgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGATTGGATAATGACAAG
            aaagaactatttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacattctgcattgctttaatgatgattcacgtttgttgtgtcttgaggatcttttttggatgtttccacttttttttttcttttatgattgtggtagactcccctttcctgtatagaactctccctgtcccaccaatgagtggagaaagaactatttatatcttatggtgaatgtgtctgttatgcagTGGGCTGAGGTGCTGTCTGCTGATGCTTTCTCTGCATTTGAGGATGCTGGATTGGATAATGACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA