Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgattgcattcaagcccttattgttttatttaatattaaattaatgagttctcagaaacattttttttaatgtagAGTTTCAACCCAATGTCTGATCCCTCTGATGATTGGGGGGGGTGTAAATTTGATGCAAGTCCAGAACTGGAAAATAGAGGGGTTAATTTTGGCACTGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G42340.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298181286|gb|HO022725.1|HO022725
EST:     TCTCACAGAGTGATGCCAAATACAAATCATTTATGTCAACTAATATCGAG                         AGTTTCAACCCAATGTCTGATCCCTCTGATGATTNNNNNNNNTGTAAATTT
genomic: TCTCACAGAGTGATGCCAAATACAAATCATTTATGTCAACTAATATCGAGgtgattgcat ... tttaatgtagAGTTTCAACCCAATGTCTGATCCCTCTGATGATTGGGGGGGGTGTAAATTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttttatttaatattaaattaatgagttctcagaaacattttttttaatgtagAGTTTCAACCCAATGTCTGATCCCTCTGATGATTGGGGGGGGTGTAAATTTGATGCAAGTCCAGAACTGGAAAATAGAGGGGTTAATTTTGGCACTGATG
                                            ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                      catttttttt  CT-rich tract
     ttatttaatattaaat  TA-rich tract