1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...tataaagtatggctagtcaaagctatctgcataaaatgctaaaatgaattcagtgatatttctaagagttgactgacaagttcaatgccttatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGTCATATGGACAACGGTATCAAGGAGTAACCATTCCTGAGGCTTATGAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G24250.3 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|192300568|gb|FG991520.1|FG991520
genomic: GAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|254346861|gb|GR856583.1|GR856583
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|214005475|gb|DB985541.1|DB985541
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: CCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTATG GCCTAGCAACCTGGACTTGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|254334915|gb|GR844700.1|GR844700
genomic: CCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|151404199|gb|EV274009.1|EV274009
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|254338293|gb|GR849818.1|GR849818
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|254338292|gb|GR849817.1|GR849817
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|10256519|gb|BE824285.1|BE824285
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGEST: gi|37994077|gb|CF805823.1|CF805823
genomic: AGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
EST: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACG GTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
genomic: AGTTTGTTATCCGCCTACAACCTTTAGAAGCTATGTACATGAAGCTTACGgtgaggcaat ... tatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTG
gaattcagtgatatttctaagagttgactgacaagttcaatgccttatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGTCATATGGACAACGGTATCAAGGAGTAACCATTCCTGAGGCTTATGAAC
gactgac putative branch site (score: 2)
ccttatc putative PPT
atatttctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tataaagtatggctagtcaaagctatctgcataaaatgctaaaatgaattcagtgatatttctaagagttgactgacaagttcaatgccttatcatgcagGTCAAGCAACCTGGACTGGAGATGTCAACAGTTCAAAGTGAGCTAGACTTGTCATATGGACAACGGTATCAAGGAGTAACCATTCCTGAGGCTTATGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - -tgcataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - aatgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgcc