Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttttaagtttaacgtgttaattgaatttattacaatggtggagtggattatgatcatgagtttcatatgtgtacacaagtgatgagcttctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTTGGGCAGCTGGAGCAAGATCTTGTTTTTGGAGACGCAGGGATGAAAGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G14450.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G14450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gttttaagtttaacgtgttaat-tgaatttattacaatggtggagtggattatgatcatgagtttcat--atgtgtacacaagtgatgagcttc---tttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTTGGGCAGCTGGAGCAAGATCTTGTTTTTGGAGACGCAGGGATGAAAGATG
      | | ||  |||| | |   || ||   |  | |      |   || ||| ||| |  |  |   |   ||   ||||  |  |   |    ||  |||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||   || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| |  ||||| |
-----cactgtagtgtgtgattgcaaaattcccaagaagcccacttttgttgtga-cataatatggaggaacaagtcttcaagctaaaattgttgtattcatccagATTGCTGGAAAAATCAACAGAATTATTGGGGAGATGGGGCTTCGAGAACTTGGGCAACTGGAGCAGGACCTTGTGTTTGGAGATGCAGGAACAAAAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254321302|gb|GR824619.1|GR824619
EST:     CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAG                         ATTGCAG-AAAA-TTAA
genomic: CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAA
EST: gi|193354779|gb|FK320372.1|FK320372
EST:     ACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAAGAG                         ATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACT
genomic: ACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGT-AGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACT
EST: gi|213600619|gb|DB956179.1|DB956179
EST:     CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAG                         ATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
genomic: CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
EST: gi|308098914|gb|HO760755.1|HO760755
EST:     CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAG                         ATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
genomic: CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
EST: gi|208084886|gb|GD881084.1|GD881084
EST:     CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAG                         ATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
genomic: CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
EST: gi|208338305|gb|GE139691.1|GE139691
EST:     CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAG                         ATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT
genomic: CACTTCCACAATACAGCGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGgttagttctg ... ctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggattatgatcatgagtttcatatgtgtacacaagtgatgagcttctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTTGGGCAGCTGGAGCAAGATCTTGTTTTTGGAGACGCAGGGATGAAAGATG
                                          cttctttgtcc  CT-rich tract
                tttcatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttaagtttaacgtgttaattgaatttattacaatggtggagtggattatgatcatgagtttcatatgtgtacacaagtgatgagcttctttgtccagATTGCAGGAAAAATTAACAGAATTATTAGGGAGTCAGGACTTCGGGAACTTGGGCAGCTGGAGCAAGATCTTGTTTTTGGAGACGCAGGGATGAAAGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgag