Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaagtatttttagtattgtactacatctaggtagtttaaattgaccactttttggtgaagttctcaagtcttgctcgaattatgttcttatttggagtgaataccattccagaggcatttaatatattttgctaaataatgtttcagGTCTGAAGGAATACATTGCAGCCAATCCTGCACTCCACCATGAAAATGCCACCACAATTGTTCATTCCAAATTGTCTGATGCTTCTATTTCTAGTGCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G11250.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207685630|gb|GD667702.1|GD667702
EST:     TCAAAATTTGAGAGGAGCATTCCATTATGCACTATTGTGCCAAGTGTCAG                         GCCTGAAGGAATACATTGCAGCCA
genomic: TCAAAATTTGAGAGGAGCATTCCAT-ATGCACTATTGTGCCAAGTGTCAGgttaagtatt ... aatgtttcagGTCTGAAGGAATACATTGCAGCCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggagtgaataccattccagaggcatttaatatattttgctaaataatgtttcagGTCTGAAGGAATACATTGCAGCCAATCCTGCACTCCACCATGAAAATGCCACCACAATTGTTCATTCCAAATTGTCTGATGCTTCTATTTCTAGTGCTGA
                                     tgctaaa  putative branch site (score: 2)
                        atttaatatattttgc  TA-rich tract