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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctctcttccattgatttttaaggttattggatggaaacttaaattgttattttgtataatccttataatcctttttccacagGCTGTAATAGAAAACACACGAGCAAATGAAATTTTGAAACAGGCCCCTTTCTTGATACCATTTACAAGCAGGGTTAAAATATTCTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G04180.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G04180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv05s0077g00470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
--------gtattctctcttccattgatttttaaggt-tattggatggaaacttaaattgttattttgtataatccttataatcctttttccacagGCTGTAATAGAAAACACACGAGCAAATGAAATTTTGAAACAGGCCCCTTTCTTGATACCATTTACAAGCAGGGTTAAAATATTCTCT
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gtgaataaaaatatcttcctatttgcatctttgggttctaatgtctaaaattttcaatcacttctt------gttctaataccgctttgtcca--gGCTGTGATAGAAAACACCAGAGCATATACTATATTGAAACAAGCTCCATTCTTGGTGCCATTTACAAGCAGAGTTAAAATATTTACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggatggaaacttaaattgttattttgtataatccttataatcctttttccacagGCTGTAATAGAAAACACACGAGCAAATGAAATTTTGAAACAGGCCCCTTTCTTGATACCATTTACAAGCAGGGTTAAAATATTCTCT
                                         tcctttttccac  CT-rich tract
       aaacttaaattgttat  TA-rich tract