Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgatccattcacaatattgccaaatgattacatttggtgtgtcctttattgtttttaacttacaatttatttgaattgcagAGTTCTCTTGTTCAAGAATACCTCAGGTTTTTAAATACAGCTAACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G30120.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22934108|gb|BU551247.1|BU551247
EST:     ATGCCAAAAGTCCCTGGGAGACATTCAGCATGCGAGGTTCTGGAATGAAG                         AGTTCTCTTGTTCAAGAATACCTCAGGTTTTTAAATACAGCTAACAA
genomic: ATGCCAAAAGTCCCTGGGAGACATTCAGCATGCGAGGTTCTGGAATGAAGgtctgatcca ... tgaattgcagAGTTCTCTTGTTCAAGAATACCTCAGGTTTTTAAATACAGCTAACAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attacatttggtgtgtcctttattgtttttaacttacaatttatttgaattgcagAGTTCTCTTGTTCAAGAATACCTCAGGTTTTTAAATACAGCTAACAA
                              aacttac  putative branch site (score: 2)
                                       tttattt  putative PPT
                  tttattgtttttaact  TA-rich tract