Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtcccactcttctgtctgacctgtgaagttattattatgctatgcttttggtaattgatttaacttattctttatgttgctattagGTACCAGTTTGTGCCACAGATGATTTTCCTTAACAGTCTATTTGGGTATCTTTCCCTTCTCATTGTTATCAAGTGGTGTACTGGCTCTCAAGCAGACCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G40430.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G40430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv06s0004g03450.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
--gtgtcccactcttctgtctgacctgtgaagttattattatgctatgcttt-tggtaattgatttaacttattctttatgttgctattagGTACCAGTTTGTGCCACAGATGATTTTCCTTAACAGTCTATTTGGGTATCTTTCCCTTCTCATTGTTATCAAGTGGTGTACTGGCTCTCAAGCAGACCTT
  |||| |       || ||   ||  ||  | | |    ||   | |     | |  | |  |  |||||||| | |   ||| ||| ||||| ||||||||||||||  |||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||||||| | || || ||||| ||||| |||||||| || || 
gtgtgttctctgtccctttccctccactgtcgctctgtacatctgaagggaggtagagaatagtgaaacttattgtctgctttgttatcagGTATCAGTTTGTGCCACAAGTGATATTTCTCAACAGCCTTTTTGGGTATCTATCGCTTCTCATTATCATAAAATGGTGCACTGGTTCTCAAGCTGATCTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattatgctatgcttttggtaattgatttaacttattctttatgttgctattagGTACCAGTTTGTGCCACAGATGATTTTCCTTAACAGTCTATTTGGGTATCTTTCCCTTCTCATTGTTATCAAGTGGTGTACTGGCTCTCAAGCAGACCTT
                          atttaac  putative branch site (score: 3)
                    taattgatttaactta  TA-rich tract