1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtgtgtccttctttgtacttatattgtcctctgctattttaatagtttagtctactatgatgctttgaagagaccacttatattctggtgatatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G07910.2 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|9984165|gb|BE658273.1|BE658273
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|254331133|gb|GR843252.1|GR843252
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|11687754|gb|BF595430.1|BF595430
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|192324841|gb|FK015352.1|FK015352
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|51343377|gb|CO984110.1|CO984110
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|254331134|gb|GR843253.1|GR843253
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|18039193|gb|BM307487.1|BM307487
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|213597190|gb|DB981582.1|DB981582
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|21257365|gb|BQ454253.1|BQ454253
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|120533133|gb|EH261266.1|EH261266
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|18720306|gb|BM523249.1|BM523249
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|5666923|gb|AI930959.1|AI930959
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGAEST: gi|11689775|gb|BF597451.1|BF597451
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
EST: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAG GTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
genomic: ACCCCTTTGGTTCTACTCTTGTATATGGTTATCAAAATATTGCCTTTGAGgtgtgtcctt ... atatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGA
tttagtctactatgatgctttgaagagaccacttatattctggtgatatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGATG
acttatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgtccttctttgtacttatattgtcctctgctattttaatagtttagtctactatgatgctttgaagagaccacttatattctggtgatatttgcagGTGATGAAGAATGGATATATTGCAACAATAACTCTCTTCCAATCATGATGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA