Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attgatgttcctagcatgtaatcacatgcactgaaacattgaagtattgaatctagtttcatgttttcaccttttgagtatttattattttcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATCGGTGCCAGCGAACTGTGGTGTTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G05940.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G05940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv07s0031g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
attgatgttcctagcatgtaatcacatgcactgaa-acattgaagtat----tgaatctagtttcatgttttcaccttttgagtatttattattttcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGG------GAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATCGGTGCCAGCGAACTGTGGTGTTGT----
      |    ||  || |  | |  ||   ||||  ||   || | |    |||    || | |   |    | || ||   ||||   |  ||  ||||||||||||||||||| || ||      |||||| ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||| |        || | ||   |||  ||   |||  |  |    
-----agaatttattatttgtttatctgttgtgaatgcaacaaactttcctatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAG---ATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAG------TTGT-GGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193707176|gb|FK646384.1|FK646384
EST:     GCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|193691040|gb|FK627099.1|FK627099
EST:     GTCCTGTGCGANCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|208103893|gb|GD908168.1|GD908168
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|192319868|gb|FK012944.1|FK012944
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|192319869|gb|FK012945.1|FK012945
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|7234504|gb|AW569841.1|AW569841
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|208099150|gb|GD900807.1|GD900807
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: gi|19346268|gb|BM891148.1|BM891148
EST:     GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgaatctagtttcatgttttcaccttttgagtatttattattttcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATCGGTGCCAGCGAACTGTGGTGTTGT
                                   tttattattttctttt  CT-rich tract
                          ttttgagtatttatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attgatgttcctagcatgtaatcacatgcactgaaacattgaagtattgaatctagtttcatgttttcaccttttgagtatttattattttcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATCGGTGCCAGCGAACTGTGGTGTTGT

- tgatgtt
- - - - - - -gcatgta
- - - - - - - - - - - - catgcac