Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatgaattggtataatgacaaatttgaaaatggtttacctatatttttgcattttcagaaatctaggaaatcctgttaaatatctttggtgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G31310.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193661647|gb|FK602601.1|FK602601
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|14011604|gb|BG726526.1|BG726526
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|19345947|gb|BM890827.1|BM890827
EST:     GAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|10231661|gb|BE800549.1|BE800549
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|22928753|gb|BU545892.1|BU545892
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGANNNNNNNGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|208081318|gb|GD881650.1|GD881650
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|21602012|gb|BQ612343.1|BQ612343
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|7690977|gb|AW759112.1|AW759112
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|31471412|gb|CD413440.1|CD413440
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgcattttcagaaatctaggaaatcctgttaaatatctttggtgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG
                             tgttaaatatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatgaattggtataatgacaaatttgaaaatggtttacctatatttttgcattttcagaaatctaggaaatcctgttaaatatctttggtgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAACGACTAGCTGTACAAATGCTTCTCATTACGGATGAGCTTTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgtta